Erstmalig wurde im Jahr 961 die Entstehung von dem Ort Möllendorf erwähnt, welcher wahrscheinlich nach einer alten Wassermühle benannt wurde.

Möllendorf war ursprünglich im Besitz der Grafen von Mansfeld. In seiner Ortslage beherbergt es seit uralter Zeit ein Freigut, welches zumeist in den Händen von Lehensleuten der Grafen war. Als der Bankrott vor der Tür stand, wurde es verkauft an einen Grafen von der Asseburg. Dieser erbaute dann im Wald das Schloss „Neu-Asseburg“. Nach mehreren Besitzerwechseln erwarb im Jahre 1919 der Gutsbesitzer Wentzel aus Teutschenthal das Gut und die Ländereien von Möllendorf.

Das alte Gemeindesiegel mit einer Tanne und der Jahreszahl 1762 sollte wohl auf die Waldwirtschaft der Bewohner hinweisen. Tatsächlich wird Möllendorf noch heute allseits von Waldungen umsäumt und ist von jeher das Domizil vieler Ausflügler der näheren Umgebung, die hier auch ihre Ferienhäuser zahlreich errichteten. 62 % der Gemarkungsfläche sind Wald, wo ein ausgewiesenes Wanderwegenetz zum Spaziergang einlädt. 1950 beschlossen die Gemeindevertreter von Möllendorf und Blumerode die Zusammenlegung der beiden, bis dahin selbstständigen, Gemeinden. Ein besonderer Anziehungspunkt im Ort ist das Restaurant „Forellenhof“, das mit seiner schmackhaften Küche sehr zu empfehlen ist. Die besondere Spezialität des Hauses sind Forellen aus eigener Zucht. Der Ort hat einen großflächigen Parkplatz mit einem Kinderspielplatz. Die Möllendorfer Bowlingbahn erfreut sich seit Jahren bei Alt und Jung großer Beliebtheit. Der am Küsterberg gelegene Forstamtsteich ist ein Paradies für Angler.